Праграмы і курсы Беларускага Калегіюма ўвесь час абнаўляюцца, каб адпавядаць новым выклікам і задачам. Ад канца 90-х адукацыйны праект падзяляўся на тры кірункі, структураваныя як тры аддзяленні, адказныя за тры блокі ведаў і ўменняў. Аддзяленне найноўшай гісторыі (уменне апазнаваць праблемы ў сучаснасці), аддзяленне журналістыкі (работа ў публічнай прасторы) і філасофія/літаратура (крэатыўнае пісьмо) з задачай навучыць працаваць з шырокім (не толькі акадэмічным) чытачом. З 2014 года пачало працу аддзяленне еўрапейскіх даследаванняў, а найноўшая гісторыя пачала транфармавацца ў інтэлектуальную гісторыю.
Асаблівую ўвагу Калегіюм надае публічнай прамоцыі ідэяў. З гэтай мэтай рэгулярна ладзяцца публічныя дыскусіі з вядучымі інтэлектуаламі, навукоўцамі, літаратарамі, публічнымі асобамі, выдаецца кніжная серыя “Бібліятэка калегіюма”, выходзіць студэнцкі часопіс “Паміж”.
Ад 2017 года Калегіюм распачаў рэфармаванне, каб лепей адпавядаць новым тэхналагічным і цывілізацыйным выклікам. Яно ўключае ў сабе актыўнае фармаванне супольнасці выкладчыкаў і выпускнікоў Калегіюма, пераход да праграмаў публічнай адукацыі гадавога цыклу, работу з краўдфандынгавымі платформамі.